Флоровский монастырь существовал еще до опустошения Киева Менгли-Гиреем (1482 г.). Первое документальное свидетельство о монастыре – грамота от 1566 г. польского короля Сигизмунда ІІ Августа киевскому воеводе князю Константину Константиновичу Острожскому. В ней говорится о закреплении за протопопом Яковом Гулькевичем и его потомками-священниками права удерживать здавна существовавший монастырь при церкви св. Флора и Лавра и чинить там службу по греческому обычаю и закону, т.е. совершать православные богослужения.