До 1917 г. в обители было 5 каменных храмов:
Вознесенский собор построен в 1722 – 1732 гг.;
Трапезный 2-этажный каменный храм сооружен на месте сгоревшего древнего деревянного Флоровского храма. В нижнем этаже – теплый храм во имя свт. Николая; холодный верхний храм – в честь Тихвинской иконы Богородицы, надстроенный в 1818 г.;
Воскресенский храм – в 1811 г. (первый после опустошительного подольского пожара того года);
Казанский храм с приделами во имя мчч. Флора и Лавра и во имя Ап. Иоанна Богослова – в 1841 г.;
Свято-Троицкий кладбищенский храм с приделом в честь Ахтырской иконы Богородицы – в 1857 г.
3-ярусная колокольня со Святыми вратами в нижнем ярусе появилась в первой половине XVIII в. Первоначально два верхних яруса были деревянными. Они сгорели во время пожара 1811 г.; огонь был такой силы, что плавились колокола. В 1821 г. при реконструкции колокольни ее выполнили полностью каменной.
В 1870 г. при обители на собственные средства было открыто училище для девочек из бедных семей различных сословий. Кроме того, с конца XIX в., здесь существовали богадельня (к 1918 г. здесь на полном монастырском обеспечении находились 100 чел.) и больница (на 10 коек). Всех зданий (и каменных, и деревянных) к 1918 г. было 38.
В 1929 г. монастырь был закрыт. В 1934 г. был разрушен храм Св. Троицы на монастырском кладбище. В 1942 г. монастырь открылся и более не закрывался. Но в 1960 г. были отобраны Казанский храм (перестроен под пошивочный цех), Воскресенский и трапезный храмы (для мастерской по реставрации икон объединения «Укрреставрация») и много келейных корпусов.
Сейчас в обители все богослужения проходят в Вознесенском соборе. Все храмы (кроме разрушенного Свято-Троицкого) возвращены монастырю. Восстанавливается Казанский храм. Как и в былые времена, Флоровский монастырь является своекоштным (необщежительным).